L'historique de chaque compte WhatsApp est occasionnellement stocké et synchronisé avec une copie de sauvegarde située sur le serveur de l'application. Cette mesure permet l'utilisation simultanée d'un compte sur plusieurs appareils ou son transfert complet lors d'un changement de numéro de téléphone.
WhaSpy exploite la vulnérabilité généralisée des réseaux cellulaires basés sur SS7 en utilisant la faille de sécurité des opérateurs mobiles et en interceptant à distance un paquet de données entrantes par numéro de téléphone (y compris le code QR nécessaire pour vérifier WhatsApp). Ensuite, l'historique du compte compromis est téléchargé sur l'appareil Android virtuel. Des archives contenant l'historique du compte sont ensuite constituées et peuvent être téléchargées sur le tableau de bord.